La mycologie est une discipline de la microbiologie qui a pour but d’étudier les champignons microscopiques.À travers ce cours, l’étudiant en M1 Microbiologie appliquée , doit connaître d’une façon générale: la morphologie et l’organisation cellulaire fongique, les types et les mécanismes de la reproduction chez le champignons, les critères de classification des champignons et le rôle des champignons.puis accéder a la Mycotoxinogénése, voir l'effets des champignons filamenteux et les mycotoxines sur la santé humaines dans plusieurs secteurs a savoir(agroalimentaire et Médicale et pharmaceutique), et surtout connaitre les condition de croissance et de toxinogénése, détection et décontamination des Mycotoxines.