2.2.4. Détection des génomes viraux directement dans les produits biologiques

Comme l’approche précédente, elle est applicable a priori à tous les virus, notamment à des virus difficiles ou impossibles à isoler. Elle repose sur l'hybridation d‟une sonde nucléique spécifique (complémentaire d'un segment d'acide nucléique viral connu) avec les acides nucléiques du virus correspondant éventuellement présents dans le produit biologique.Cette réaction d'hybridation peut se faire directement sur les produits biologiques ou après amplification in vitro de la séquence nucléique virale par réaction de polymérisation en chaîne (PCR). La PCR (dont il existe diverses variantes) a révolutionné le diagnostic virologique en raison de sa sensibilité, de sa spécificité, de son automatisation.Elle a cependant quelques inconvénients : sa sensibilité extrême expose au risque de contamination d'un échantillon à l'autre entre malades différents, tandis que sa spécificité expose au risque de méconnaître les variants génétiques d'un virus.

Une approche quantitative de la PCR a maintenant supplanté les techniques initiales, qui étaient uniquement qualitatives. Cette quantification est cruciale :

* pour affiner la valeur prédictive d‟une détection d‟un virus vis à vis d‟une maladie liée à ce

virus ;

* pour suivre l‟évolution - spontanée ou sous traitement - d‟une infection virale, aiguë ou chronique.

L’approche quantitative la plus utilisée aujourd‟hui est celle de la « PCR en temps réel », dont le principe est de regarder à quel cycle d‟amplification va apparaître un signal détectable. Plus ce « cycle threshold » (CT) est bas, plus il y avait de cibles moléculaires dans l’échantillon au départ, ce qui équivaut donc à une charge virale élevée. Une gamme étalon est associée à la série où sont testés les échantillons, permettant à l’appareil de calculer, par régression linéaire logarithmique, la charge virale en fonction des CT observés.

Des approches « syndromiques » utilisant ces techniques moléculaires sont également

développées, avec différentes génomes viraux détectées de façon simultanée (techniques « multiplex ») et choisies selon le type de l’atteinte clinique ou du terrain. Des kits adaptées à des atteintes respiratoires, neuro-méningée, digestives sont ainsi disponibles, comme d’autres adaptées au suivi des sujets greffés.

Les techniques des biopuces, permettant de rechercher par hybridation les génomes d'une très grande diversité de virus, grâce à des sondes spécifiques fixées sur un support microscopique, risquent de s’implanter dans un avenir plus ou moins proche dans les laboratoire, mais restent aujourd’hui encore expérimentales