Ce cours s’intéresse aux interactions des micro-organismes avec l’environnement. Les interactions des micro-organismes représentent les nombreuses relations auxquelles participent  les microorganismes dans leur environnement, qu'il s'agisse d'interactions physiques ou biotiques. Elles englobent ainsi des relations avec la niche écologique et d’autres avec les êtres vivants.

Dans ce cours, nous nous  intéressons aussi au fonctionnement des écosystèmes, aux différents échanges existants entre les micro-organismes et  leur environnement, et ainsi nous  abordons les types de relations établies par les micro-organismes avec l’environnement, leurs moyens communications entre eux, leurs moyens de survie, les interactions avec l’humain et les plantes en  invoquant les associations mycorihziennes,. Nous abordons également la biofertilisation et l’impacte des organismes génétiquement modifiés sur l’environnement.