La classification des champignons repose sur plusieurs critères fondamentaux, notamment la structure du thalle, le mode de reproduction (sexuée et asexuée), les caractéristiques cellulaires (paroi, noyau, spores, etc.) ainsi que leur écologie et leur mode de nutrition.
Les champignons forment un groupe très diversifié de microorganismes eucaryotes, hétérotrophes, dépourvus de chlorophylle et capables d’absorber la matière organique sous forme dissoute.

1. Les grandes divisions des mycètes

Traditionnellement, six divisions majeures sont reconnues au sein du règne fongique :

• Chytridiomycètes : champignons aquatiques primitifs à thalle souvent unicellulaire ou peu différencié, caractérisés par des spores mobiles munies de flagelles.
• Oomycètes : autrefois considérés comme des champignons, ils appartiennent aujourd’hui au groupe des straménopiles ; leurs parois sont riches en cellulose plutôt qu’en chitine.
• Zygomycètes : champignons filamenteux formant des zygospores lors de la reproduction sexuée (ex. Rhizopus, Mucor).
• Ascomycètes : groupe le plus vaste, caractérisé par la production d’asques contenant des ascospores (ex. Saccharomyces, Aspergillus, Penicillium).
• Basidiomycètes : champignons supérieurs produisant des basidiospores sur des basides ; ce groupe comprend les champignons à chapeau (ex. Agaricus, Coprinus).
• Deutéromycètes (ou champignons imparfaits) : regroupement artificiel de champignons dont la reproduction sexuée n’est pas observée ; ils se reproduisent uniquement par voie asexuée.

Cette classification inclut des formes variées :

• des thalles unicellulaires (comme les levures),
• des thalles filamenteux (moisissures),
• des thalles pluricellulaires développés (champignons supérieurs),
• et des formes primitives telles que les thalles plasmodes.

Beaucoup de champignons établissent également des associations symbiotiques appelées mycorhizes, en relation étroite avec les racines des plantes. Ces associations jouent un rôle écologique majeur dans la nutrition minérale des végétaux et la stabilité des écosystèmes.